Для растительности характерны лиственничные леса, сосняки и березняки. Обычны кустарниковые заросли. На степных участках господствуют леймусово-типчаковые и холодно-полынные степи. Склоны сопок заняты леймусовыми, вострецовыми, типчаковыми, пижмовыми, житняковыми и ковыльными степями. По долинам рек обычны желтолилейные, разнотравные и стоповидно-осоковые ассоциации. На засоленных почвах — мечевидно-ирисовые сообщества.
Северная часть Агинских степей необычна как в отношении рельефа, так и в отношении растительного покрова: степи изборождены грядами гор и холмов, чередующихся с довольно узкими долинами, а участки степных формаций местами сменяются лесными.
Леса сосредоточены в основном в северной и западной части территории округа и состоят из немногих пород: лиственницы даурской, сосны обыкновенной, кедра сибирского, ели сибирской, пихты сибирской, берёзы плосколистной и осины.
В смешанных лесах преобладает берёза. Хвойные леса произрастают на западе, а в Кункурской степи растет островной реликтовый Цасучейский бор — «Цырик-Нарасун» (сосновое войско), где господствует сосна Крылова. Редко стоящие одиночные деревья, как в саванне, со своеобразным степным сообществом не имеющие аналогов в обычных степях, поэтому сосновый бор необходимо сохранить для будущих поколений.
Подлесок образован немногочисленными породами: берёзой кустарниковой, рододендроном даурским, шиповником, кизильником черноплодным, таволгами, рябинником, лапчаткой. Встречаются красная смородина и часто костяника, земляника, голубика, брусника, болотный багульник, жимолость.
В смешанных лесах округа насчитывается более сотни видов травянистых растений, среди которых много чисто степных видов.
Склоны южной экспозиции — обыкновенно каменистые склоны гор и холмов Агинских степей или совершенно лишены древесной растительности или покрыты кустарником, главным образом спиреей, ильмом, абрикосом сибирским.
Единичные экземпляры по сопкам отмечаются крушина, яблоня Палласа. По долинам рек — черемуха, боярышник, тараношка, тополь лавренистный и др. В северной части встречаются небольшие осоковые болота, совершенно отсутствующие в южной.
Луга представлены вострецовыми, пикульниковыми реже чиевыми формациями.
Преобладающие растения округа приспособлены к холодному и сухом климату, краткому вегетативному периоду с отсутствием засухи в середине лета. Для степей характерен разреженный низкорослый травостой с мощно развитой корневой системой. В округе произрастает много ценных растений: лекарственных, технических, кормовых, которые необходимо рационально использовать.
Растительность округа богата и насчитывает по новым исследованиям более 700—800 видов.
Климатические зоны:
BSk — сухой, степь, холодный, Dwa — холодный (континентальный), с сухой зимой, жаркое лето, Dwb — холодный (континентальный), с сухой зимой, теплое лето